Gemignani fue denunciado hace años cuando se conociera un mensaje de Whatsapp que envió a sus colegas, en el chat de Acuerdos de la Cámara. Era el día de la Mujer y el magistrado escribió: “Feliz Día para Todas! Especialmente para las delincuentes!!! Sólo se avanzará en la igualdad cuando se reconozca derechos a las delincuentes y sean penadas. Mientras tanto, seguiremos poniéndolas en evidencia hasta que la igualdad no sea relato”.
La alusión era al fallo de una de sus colegas, con el que había beneficiado a una mujer de extrema vulnerabilidad en un caso de narcotráfico.
A raíz de este hecho que debería haber sido penado por sus pares, pero que se diluyó en el tiempo también se conoció un conflicto que Gemignani había tenido cuando ordenó la detención de una secretaria del tribunal, luego de que esta se negara a cumplir con una orden suya. El caso, ocurrido en 2016, es recordado como uno de los escándalos más grandes del tribunal.
La red Mujeres de la Justicia realizó un comunicado al respecto de la aceptación de su renuncia.
